Era moderna

Se la fine del XV secolo aveva segnato per Novacella un periodo di altissima fioritura culturale, il XVI secolo portò, in seguito alle trasformazioni sociali e religiose, un periodo di profonda crisi all'Abbazia. Nel 1525 nel corso della rivolta dei contadini tirolesi, come un fulmine a ciel sereno, il declino ebbe inizio con il sacco dell'Abbazia durato tre giorni e la sua successiva occupazione. La comunità disponeva sì di sufficienti capacità economiche per riparare gli ingenti danni agli edifici e agli arredi del complesso convent-uale, ma l'edificio spirituale minacciava di crollare. Intorno al 1510 il Capitolo era ancora formato da trenta canonici, mente negli anni intorno al 1560 il numero di preti residenti nell'abbazia era sceso a sei.

Soltanto con l’Abate Jakob Fischer (1589-1621) le cose volsero nuovamente al meglio.
Il suo successore Markus Hauser (1621-1665), con la fondazione di un istituto acca-demico, pose poi le fondamenta spirituali per la trasformazione barocca dell'Abbazia.
Nel XVII secolo vennero portati avanti la modernizzazione e l'ampliamento del settore claustrale e dei giardini, per fare spazio alla crescente comunità. Dal 1735 al 1744 seguì poi la totale trasformazione della chiesa abbaziale medioevale in un "theatrum sacrum" inondato di luce, in pieno stile tardo-barocco, in cui la liturgia intendeva permettere di pregustare il banchetto celeste. Il completamento fu la costruzione dal 1771 al 1778 del nuovo tratto della biblioteca con la sua sontuosa sala rococò. A questi ambiziosi interventi costruttivi corrispondeva una numerosa comunità di canonici, che comprendeva, ad es. nel 1780, 53 membri.

Durante le tre guerre di coalizione contro la Francia (1792-1805), l'Abbazia dovette sopportare frequentemente ampi acquartieramenti di truppe di entrambi i fronti e pagare pesanti tributi. Quando con la pace di Pressburg (1805) la Contea Principesca di Tirolo passò alla Baviera, sembrò che gli ultimi giorni dell'Abbazia agostiniana di Novacella fossero giunti.