Rifondazione
Dopo la riunificazione del Tirolo all'Austria, il 12 gennaio 1816, con un editto dell'Imperatore Francesco I, le Abbazie Marienberg, Novacella, Wilten e Stams vennero ripristinate e reinvestite dei propri diritti e beni.
La situazione dell'Abbazia di Novacella era molto pesante, gran parte dei beni immobili era perduta, il complesso abbaziale era in condizioni precarie, la chiesa e il convento quasi completamente privi di mobilio, e il personale molto scarso. Le condizioni dettate dall'Imperatore per il ripristino dell'Abbazia furono molto dure. La comunità dovette impegnarsi non solo a riprendere la cura delle 18 parrocchie, ma anche a mettere a disposizione gli insegnati per l'Imperialregio Ginnasio di Bressanone. Inizialmente questo si rivelò impossibile dalle proprie fila, perché nel periodo delle rivolte erano morti 13 canonici, altri non volevano tornare e, ovviamente, ancora non c'erano "nuove leve".
Soltanto a partire dal 1844 il ginnasio di Bressanone venne interamente gestito dai canonici. In breve tempo il "Ginnasio Agostiniano" si creò una buona fama e fu seguito fino al 1926, anno in cui venne chiuso dai fascisti italiani in quanto scuola statale tedesca. Proseguì, come scuola privata, a Novacella fino alla fine degli anni sessanta. Venne istituito anche un "Istituto per Giovani Cantori", in cui i fanciulli ricevevano, oltre ad una buona formazione generale, l’insegnamento del canto e della musica strumentale.
In senso economico, l'Abbazia visse dopo il 1826 un lungo periodo di dura sopravvivenza. Soltanto sotto l’Abate Ludwig Mair (1832-1851) la situazione gradualmente migliorò, progredendo alla fine del XIX secolo al punto da permettere, negli anni 1895/96 di portare a termine il prima restauro completo della chiesa abbaziale.
Nel corso della prima guerra mondiale l'Abbazia venne frequentemente occupata dai soldati. Ad eccezione della piccola campana da morto e quella per avvisare degli incendi, tutte le campane di Novacella dovettero essere cedute, furono rimpiazzate soltanto nel 1922. Più devastante per Novacella fu la seconda guerra mondiale. Il 23 marzo 1945 Novacella fu obiettivo di un bombardamento degli Alleati, perché la Wehrmacht tedesca aveva installato i propri magazzini e una tipografia negli edifici dell'Abbazia. Vennero danneggiati soprattutto il lato nord della chiesa abbaziale, la sagrestia, il campanile e la Cappella della Pietà. Gli ultimi danni causati dai bombardamenti della guerra furono riparati con il restauro avvenuto nel 1982 guidati dall’Abate Chrysostomus Giner.